สมเด็จพระนเรศวรมหาราช หรือสมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ 2 มีพระนามเดิมว่า พระองค์ดำ เป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระมหาธรรมราชาและพระวิสุทธิกษัตริย์ (พระราชธิดาของสมเด็จพระศรีสุริโยทัยและสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ) เสด็จพระราชสมภพเมื่อ พ.ศ. 2098 ที่พระราชวังจันทน์ เมืองพิษณุโลกทรงมีพระเชษฐภคิณีคือ พระสุพรรณกัลยา ทรงมีพระอนุชาคือ สมเด็จพระเอกาทศรถ (องค์ขาว) และทรงเป็นพระราชนัดดาของสมเด็จพระศรีสุริโยทัย พระนามของพระองค์ปรากฏในลายลักษณ์อักษรหลายฉบับ เช่น พระนเรศ วรราชาธิราช, พระนเรสส, องค์ดำ จึงยังไม่สามารถสรุปได้ว่าพระนาม นเรศวรได้มาจากที่ใด สันนิษฐานเบื้องต้นว่า เพี้ยนมาจาก สมเด็จพระนเรศ วรราชาธิราช มาเป็น สมเด็จพระนเรศวร ราชาธิราช เสด็จขึ้นครองราชเมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2133 รวมสิริดำรงราชสมบัติ 15 ปี เสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2148 รวมพระชนมพรรษา 50 พรรษา
ราชการสงครามในสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เป็นเหตุการณ์ที่ยิ่งใหญ่และสำคัญยิ่งของชาติไทย พระองค์ได้กู้อิสรภาพของไทยจากการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งแรก และได้ทรงแผ่อำนาจของราชอาณาจักรไทย อย่างกว้างใหญ่ไพศาล นับตั้งแต่ประเทศพม่าตอนใต้ทั้งหมด นั่นคือ จากฝั่งมหาสมุทรอินเดียทางด้านตะวันตก ไปจนถึงฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิคทางด้านตะวันออก ทางด้านทิศใต้ตลอดไปถึงแหลมมลายู ทางด้านทิศเหนือก็ถึงฝั่งแม่น้ำโขงโดยตลอด และยังรวมไปถึงรัฐไทยใหญ่บางรัฐ
พระองค์ได้ทำสงครามเข้าไปในประเทศที่เป็นข้าศึกของไทยในทุกทิศทาง จนประเทศไทยอยู่เป็นปกติสุขปราศจากศึกสงคราม เป็นระยะเวลายาวนาน พระราชกรณียกิจน้อยใหญ่ทั้งสิ้นทั้งปวงของพระองค์ เป็นไปเพื่อประโยชน์ของบ้านเมืองและคนไทยทั้งมวล ตลอดพระชนม์ชีพของพระองค์จะอยู่ในสนามรบและชนบทโดยตลอดมิได้ว่างเว้น แม้แต่เมื่อเสด็จสวรรคต ก็เสด็จสวรรคตในระหว่างเดินทัพไปปราบอริราชศัตรูของชาติไทย นับว่าพระองค์ได้ทรงสละพระองค์เพื่อชาติบ้านเมืองโดยสิ้นเชิง สมควรที่ชาวไทยรุ่นหลังต่อมาได้สำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของพระองค์และจดจำวีรกรรมของพระองค์เทิดทูนไว้เหนือเกล้าฯ ไปตราบชั่วกาลนาน
พระราชประวัติสมเด็จพระนเรศวรมหาราชหรือที่ชาวบ้านทั่วไปในครั้งนั้นเรียกว่า พระองค์ดำ เป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระมหาธรรมราชาและพระวิสุทธิกษัตริย์ (พระราชธิดาของสมเด็จพระศรีสุริโยทัยและสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ) เสด็จพระราชสมภพเมื่อ พ.ศ. 2098 ที่พระราชวังจันทน์ เมืองพิษณุโลกทรงมีพระเชษฐภคิณีคือ พระสุพรรณกัลยา ทรงมีพระอนุชาคือ สมเด็จพระเอกาทศรถ (องค์ขาว) และทรงเป็นพระราชนัดดาของสมเด็จพระศรีสุริโยทัย
ตลอดระยะเวลาในทรงพระเยาว์ของพระนเรศวรทรงใช้ชีวิตอยู่ในพระราชวังจันทน์ เมืองพิษณุโลก จนกระทั่งเมื่อพระเจ้าบุเรงนองยกทัพมาตีเมืองพิษณุโลก สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชเจ้าเมืองพิษณุโลกยอมอ่อนน้อมต่อแห่งหงสาวดี และทำให้พิษณุโลกต้องแปรสภาพเป็นเมืองประเทศราชหงสาวดีไม่ขึ้นต่อกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าบุเรงนองได้ทรงขอพระนเรศวรไปเป็นองค์ประกันที่หงสาวดี ทำให้พระองค์ต้องจากบ้านเกิดเมืองนอนตั้งแต่มีพระชนม์มายุเพียง 9 พรรษา
พระองค์ทรงเป็นผู้ที่มีน้ำพระทัยเป็นนักรบมาตั้งแต่ทรงพระเยาว์ มีความกล้าหาญเด็ดเดี่ยวมีน้ำพระทัยกว้างขวางสมกับที่เป็นเชื้อสายของสมเด็จพระศรีสุริโยทัย แม้พระนเรศวรจะถูกนำไปเป็นตัวประกันถึงหงสาวดี แต่ตลอดระยะเวลาพระองค์มิได้ทรงหวั่นไหว ครั้งที่อยู่ในเมืองพม่าก็ได้แสดงความปรีชาสามารถให้ปรากฏหลายต่อหลายครั้ง ทำให้พระเจ้าบุเรงนองกษัตริย์พม่ารู้สึกหวาดหวั่น เกรงว่าต่อไปภายหน้าอาจคิดกู้ชาติไทยก็ได้ ศึกษาเพิ่มเดิมด้วยตนเองที่ http://picasaweb.google.co.th/ssomkiert
สมเด็จพระมหาอุปราชปกครองเมืองพิษณุโลกหลังจากที่พระเจ้าบุเรงนองตีกรุงศรีอยุธยาแตก เมื่อ พ.ศ. 2112 มะเส็งศก วันอาทิตย์ เดือน ๙ แรม ๑๑ ค่ำ และได้สถาปนาสมเด็จพระมหาธรรมราชาครองกรุงศรีอยุธยาในฐานะประเทศราชของหงสาวดีต่อไป หลังจากนั้น พระนเรศวรได้หนีกลับมาไทยโดยที่บุเรงนองยินยอมด้วยอันเนื่องมาจากพระสุพรรณกัลยาได้ขอไว้ หลังจากที่พระองค์ดำกลับมากรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระมหาธรรมราชาได้ทรงพระราชทานนามให้ว่า "พระนเรศวร" และโปรดเกล้าฯ ให้เป็นพระมหาอุปราชไปปกครองเมืองพิษณุโลก ทรงปกครองเมืองอย่างดีและทรงเริ่มเตรียมการที่จะกอบกู้เอกราชของกรุงศรีอยุธยา
การที่ได้เสด็จไปประทับอยู่หงสาวดี 8 ปีนั้น ก็เป็นประโยชน์ยิ่งเพราะทรงทราบทั้งภาษาและนิสัยใจคอ ตลอดจนล่วงรู้ความสามารถของพม่า เป็นทุนสำหรับคิดอ่านต่อสู้ เมื่อพระเจ้าหงสาวดีตีกรุงศรีอยุธยาได้นั้น อ้างว่าข้าราชการในกรุงเกลียดชังสมเด็จพระมหาธรรมราชา จึงต้องถอนข้าราชการเมืองเหนือที่เคยใช้สอยลงมารับราชการในกรุงมากด้วยกัน จำนวนข้าราชการทางเมืองเหนือจึงบกพร่อง ต้องหาตัวตั้งขึ้นใหม่[5] พระนเรศวรทรงทรงขวนขวายหาคนสำหรับทรงใช้สอยโดยฝึกทหารที่อยู่ในรุ่นราวคราวเดียวกันตามวิธียุทธ์ของพระองค์ทั้งสิ้น จึงเป็นกำลังของพระนเรศวรในเวลาต่อมา และความคาดคิดของพระเจ้าบุเรงนองแห่งหงสาวดีก็กำลังจะกลายเป็นความจริงเมื่อ พระนเรศวรทรงคิดที่จะกอบกู้อิสรภาพขึ้นในแผ่นดินอันเป็นเมืองที่พระองค์ทรงพระราชสมภพ
การฉวยโอกาสซ้ำเติมไทยของเขมรเมื่อปี พ.ศ. 2113 พระยาละแวกหรือสมเด็จพระบรมราชา กษัตริย์เขมร ซึ่งเคยเป็นเมืองขึ้นของไทยมาก่อน ตั้งแต่ครั้งสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 เห็นไทยบอบซ้ำจากการทำสงครามกับพม่า ได้ถือโอกาสยกกำลังเข้ามาซ้ำเติมกรุงศรีอยุธยา โดยยกกองทัพมีกำลัง 20,000 คนเข้ามาทางเมืองนครนายก เมื่อเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยาแล้วได้ตั้งทัพอยู่ที่ตำบลบ้านกระทุ่มแล้วเคลื่อนพลเข้าประชิดพระนคร โดยได้เข้ามายืนช้างบัญชาการรบอยู่ในวัดสามพิหาร และวางกำลังพลรายเรียงเข้ามาถึงวัดโรงฆ้อง ต่อไปถึงวัดกุฎีทอง และนำกำลังพล 5,000 คน ช้าง 30 เชือก เข้ายึดแนวหน้าวัดพระเมรุราชิการามพร้อมกับให้ทหารลงเรือ 50 ลำแล่นเข้ามาปล้นพระนครตรงมุมเจ้าสนุก สมเด็จพระมหาธรรมราชาเสด็จออกบัญชาการรบป้องกันพระนครเป็นสามารถ กองทัพเขมรพยายามยกพลเข้าปล้นพระนครอยู่ 3 วัน แต่ไม่สำเร็จจึงยกกองทัพกลับไปและได้กวาดต้อนผู้คนชาวบ้านนาและนครนายกไปยังประเทศเขมรเป็นจำนวนมาก
ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2117 ในขณะที่กองทัพไทยในบังคับบัญชาของสมเด็จพระธรรมราชาธิราชกับพระนเรศ ยกกองทัพไปช่วยพระเจ้าหงสาวดี ไปตีเมืองศรีสัตนาคนหุต พระยาละแวก ถือโอกาสยกกองทัพมาตีกรุงศรีอยุธยาอีกโดยยกมาทางเรือ การศึกครั้งนี้โชคดีเป็นของไทย กล่าวคือขณะที่กองทัพไทยยกไปถึงหนองบัวลำภู เมืองอุดรธานี สมเด็จพระนเรศวรทรงประชวรเป็นไข้ทรพิษ พระเจ้าหงสาวดีโปรดให้กองทัพไทยยกกลับกรุงศรีอยุธยา
กองทัพไทยกลับมาได้ทันเวลาที่กรุงศรีอยุธยาถูกโจมตีจากกองทัพเรือเขมร ซึ่งขึ้นมาถึงกรุงศรีอยุธยาเมื่อเดือนอ้าย พ.ศ. 2118 และได้ตั้งทัพชุมนุมพลอยู่ที่ตำบลขนอนบางตะนาว และลอบแฝงเข้ามาอยู่ในวัดพนัญเชิง และใช้เรือ 3 ลำเข้าทำการปล้นชาวเมืองที่ตำบลนายก่าย[7] ไทยใช้ปืนใหญ่ยิงไปยังป้อมค่ายนายก่าย ถูกข้าศึกล้มตายเป็นอันมาก แล้วให้ทหารเรือเอาเรือไปท้าทายให้ข้าศึกออกมารบพุ่ง จากนั้นก็ล่อหลอกให้ข้าศึกรุกไล่เข้ามาในพื้นที่การยิงหวังผลของปืนใหญ่ เมื่อพร้อมแล้วก็ระดมยิงปืนใหญ่ถูกทหารเขมรแตกพ่ายกลับไป
การให้บทเรียนแก่เขมรที่ไชยบาดาลในปี พ.ศ. 2121 พระยาจีนจันตุ ขุนนางจีนของกัมพูชา รับอาสาพระสัฎฐามาปล้นเมืองเพชรบุรี แต่ต้องพ่ายแพ้ตีเข้าเมืองไม่ได้จะกลับกัมพูชาก็เกรงว่าจะต้องถูกลงโทษ จึงพาสมัครพรรค พวกมาสวามิภักดิ์อยู่กับคนไทย โดยสมเด็จพระมหาธรรมราชาทรงชุบเลี้ยงไว้ ต่อมาไม่นานก็ลงเรือสำเภาหนีออกไป เวลานั้นสมเด็จพระนเรศวรมหาราชมีพระชนมายุได้ 24 พรรษา ตระหนักในพระทัยดีว่า พระยาจีนจันตุเป็นผู้สืบข่าวไปให้เขมร พระองค์จึงเสด็จลงเรือกราบกันยารับตามไป เสด็จไปด้วยอีกลำหนึ่งตามไปทันกันเมื่อใกล้จะออกปากน้ำ พระยาจีนจันตุยิงปีนต่อสู้ สมเด็จพระนเรศวรจึงเร่งเรือพระที่นั่งขึ้นหน้าเรือลำอื่นประทับยืนทรงยิงพระแสงปืนนกสับที่หน้ากันยาไล่กระชั้นชิดเข้าไปจนข้าศึกยิงมา ถูกรางพระแสงปืนแตกอยู่กับพระหัตถ์ก็ไม่ยอมหลบ พระเอกาทศรถเกรงจะเป็นอันตราย จึงตรัสสั่งให้เรือที่ทรงเข้าไปบังเรือสมเด็จพระเชษฐาก็พอดีกับเรือที่ทรงเข้าไป บังเรือสมเด็จพระเชษฐาก็พอดีกับเรือสำเภาของพระยาจีนจันตุได้ลมแล่นออกทะเลไป เนื่องจากเรือรบไทยเป็นเรือเล็กสู้คลื่นลมไม่ไหวจำต้องถอยขบวนกลับขึ้นมาตามลำน้ำพบกับสมเด็จพระมหาธรรมราชาที่คุมกำลังทหารลงเรือหนุนตามมาที่เมืองพระประแดง ทรงกราบทูลเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นให้ทรงทราบ แล้วเคลื่อนขบวนกลับสู่พระนคร
พระปรีชาสามารถในการรบเป็นที่ประจักษ์หลายครั้งหลายคราว ครั้นยิ่งนานวันความกล้าแกร่งของพระนเรศวรยิ่งเพิ่มขึ้นเป็นเงาตามตัว ความสามมารถในการเป็นผู้นำปรากฏให้เห็นอย่างชัดเจน จนกระทั่งได้รับความนับถือยกย่องโดยทั่วไป
แต่การทำสงครามกับเขมรก็ยังไม่จบสิ้น ทั้งนี้เพราะเขมรยังคงเชื่อว่าสยามยังอ่อนแอสามารถที่จะเข้ามาปล้นชิงได้อยู่ พ.ศ. 2123 กษัตริย์กัมพูชาได้ให้พระทศราชาและพระสุรินทร์ราชาคุมกำลังประมาณ 5,000 ประกอบไปด้วยช้าง ม้า ลาดตระเวนเข้ามาในหัวเมืองด้านตะวันออก แล้วเคลื่อนต่อเข้ามายังเมืองสระบุรีและเมืองอื่นๆ หมายจะปล้นทรัพย์จับผู้คนไปเป็นเชลย
ประจวบเหมาะกับพระนเรศวรเสด็จลงมาประทับอยู่ที่กรุงศรีอยุธยาพอดี เมื่อทรงทราบข่าวศึกก็ทรงทูลขอกำลังทหารประจำพระนคร 3,000 คน ทั้งที่มีกำลังพลน้อยกว่าเขมรแต่สมเด็จพระนเรศวรก็สามารถวางกลศึกหลอกล่อ กระทั่งสามารถโจมตีทัพของเขมรให้แตกหนีกลับไปได้ในที่สุด
ฝ่ายพระทศโยธา และพระสุรินทราชาเห็นทัพหน้าแตกยับเยิน ไม่ทราบแน่ว่ากองทัพไทยมีกำลังมากน้อยเพียงใด ก็รีบถอยหนีกลับไปทางนครราชสีมา ก็ได้ถูกทัพไทยที่ดักทางคอยอยู่ก่อนแล้ว เข้าโจมตีซ้ำเติมอีก กองทัพเขมรทั้งหมดจึงรีบถอยหนีกลับไปกรุงกัมพูชา การรบครั้งนี้ทำให้สมเด็จพระนเรศวรเป็นที่เคารพยำเกรงแก่บรรดาแม่ทัพนายกอง และบรรดาทหารทั้งปวงเป็นที่ยิ่ง กิตติศัพท์อันนี้เป็นที่เลื่องลือไปถึงกรุงหงสาวดี และผลจากการรบครั้งนี้ทำให้เขมรไม่กล้าลอบมาโจมตีไทยถึงพระนครอีกเลย
การรบที่เมืองคังเมื่อพระเจ้าบุเรงนองแห่งหงสาวดีสิ้นพระชนม์ ทางประเทศพม่าจึงผลัดเปลี่ยนแผ่นดินใหม่นันทบุเรงได้ขึ้นครองราชสมบัติสืบต่อจากพระเจ้าบุเรงนอง พระนเรศวรในขณะนั้นก็ได้คุมทัพและเครื่องราชบรรณาการไปถวายแก่พม่าตามราชประเพณีที่มีมา คือเมื่อแผ่นดินพม่ามีการผลัดเปลี่ยนกษัตริย์ ประเทศราชจะต้องปฏิบัติเช่นนี้
ทางด้านเจ้าฟ้าเมืองคัง ซึ่งเป็นเมืองออกของหงสาวดีแข็งเมือง ไม่ยอมส่งราชบรรณาการไปถวายพระเจ้านันทบุเรง ดังนั้นพม่าจึงจัดกองทัพขึ้น 3 กอง มีพระมหาอุปราชราชโอรสของพระเจ้านันทบุเรง พระสังขฑัตโอรสเจ้าเมืองตองอู ส่วนทัพที่ 3 คือกองทัพของพระนเรศวร แห่งกรุงศรีอยุธยาให้ยกไปปราบปรามเมืองคัง กองทัพของพระมหาอุปราชบุกเข้าโจมตีเมืองคังก่อน แต่ปรากฏว่าตีไม่สำเร็จ ต่อมาจึงเป็นหน้าที่ของกองทัพพระสังขฑัต แต่การโจมตีก็ต้องผิดหวังล่าถอยกลับมาอีกเช่นกัน ดังนั้นจึงเป็นคราวที่พระนเรศวรจะเข้าโจมตีเมืองคังบ้าง
พระนเรศวรทรงพิจารณาเห็นว่าเมืองคังตั้งอยู่บนที่สูง พระองค์จึงวางแผนการยุทธจัดทัพใหม่ แบ่งกำลังส่วนหนึ่งเข้าโจมตีด้านหน้า กำลังส่วนนี้มีไม่มากนัก แต่กำลังส่วนใหญ่ของพระองค์เปลี่ยนทิศทางโอบเข้าตีด้านหลัง ประกอบกับพระองค์ทรงรู้ทางลับที่จะบุกเข้สู่เมืองคังอีกด้วย จึงสามารถโจมตีเมืองคังแตกโดยไม่ยาก พระนเรศวรจับเจ้าฟ้าเมืองคังไปถวายพระเจ้านันทบุเรงที่หงสาวดีเป็นผลสำเร็จ
ชัยชนะในการตีเมืองคังครั้งนั้นทำให้ฝ่ายพม่าเริ่มรู้ว่าฝีมือทัพไทย มีความเก่งกล้าสามารถน่าเกรงขามยิ่งกว่าแต่ก่อน โดยเฉพาะพระสังขฑัต และพระมหาอุปราชารู้สึกมีความละอายมากในการทำศึกครั้งนี้ นอกจากนี้แล้วต่อมาพวกเขมรยกทัพมากวาดต้อนผู้คนในเมืองนครราชสีมาและหัวเมืองชั้นใน ก็ถูกกองทัพของพระนเรศวรโจมตีแตกกระเจิงและเลิกทัพถอยกลับไป
ความเก่งกล้าสามารถของพระนเรศวรมีมากขึ้นเพียงไร ความหวาดระแวงของหงสาวดีก็เพิ่มทวีมากขึ้นเยี่ยงนั้น พระเจ้านันบุเรงเริ่มไม่ไว้วางพระทัยพระนเรศวร คอยจับจ้องดูความเปลี่ยนแปลง และความสามารถของยอดนักรบพระองค์นี้อยู่ตลอดเวลา คิดว่าหากมีโอกาสเมื่อใดก็จะกำจัดตัดไฟแต่ต้นลม
ประกาศอิสรภาพ
สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงหลั่งทักษิโณทกตัดสัมพันธไมตรีกับหงสาวดีและกวาดต้อนครัวไทยครัวมอญข้ามแม่น้ำสะโตงกลับคืนพระนครเมื่อปี พ.ศ. 2126 พระเจ้าอังวะเป็นกบฎ เนื่องจากไม่พอใจทางกรุงหงสาวดีอยู่หลายประการ จึงแข็งเมืองพร้อมกับเกลี้ยกล่อมเจ้าไทยใหญ่อีกหลายเมืองให้แข็งเมืองด้วย พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงจึงยกทัพหลวงไปปราบ ในการณ์นี้ได้สั่งให้เจ้าเมืองแปรเจ้าเมืองตองอูและเจ้าเมืองเชียงใหม่ รวมทั้งทางกรุงศรีอยุธยาด้วย ให้ยกทัพไปช่วยทางไทย สมเด็จพระมหาธรรมราชาโปรดให้สมเด็จพระนเรศวรยกทัพไปแทน
สมเด็จพระนเรศวรยกทัพออกจากเมืองพิษณุโลก เมื่อวันแรม 6 ค่ำ เดือน 3 ปีมะแม พ.ศ. 2126 พระองค์ยกทัพไทยไปช้า ๆ เพื่อให้การปราบปรามเจ้าอังวะเสร็จสิ้นไปก่อน ทำให้พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงแคลงใจว่า ทางไทยคงจะถูกพระเจ้าอังวะชักชวนให้เข้าด้วย จึงสั่งให้พระมหาอุปราชาคุมทัพรักษากรุงหงสาวดีไว้ถ้าทัพไทยยกมาถึงก็ให้ต้อนรับและหาทางกำจัดเสีย และพระองค์ได้สั่งให้พระยามอญสองคน คือ พระยาเกียรติและพระยาราม ซึ่งมีสมัครพรรคพวกอยู่ที่เมืองแครงมากและทำนองจะเป็นผู้คุ้นเคยกับสมเด็จพระนเรศวรมาแต่ก่อน ลงมาคอยต้อนรับทัพไทยที่เมืองแครง อันเป็นชายแดนติดต่อกับไทย พระมหาอุปราชาได้ตรัสสั่งเป็นความลับว่า เมื่อสมเด็จพระนเรศวรยกกองทัพขึ้นไป ถ้าพระมหาอุปราชายกเข้าตีด้านหน้าเมื่อใด ให้พระยาเกียรติและพระยารามคุมกำลังเข้าตีกระหนาบทางด้านหลัง ช่วยกันกำจัดสมเด็จพระนเรศวรเสียให้จงได้ พระยาเกียรติกับพระยารามเมื่อไปถึงเมืองแครงแล้วได้ขยายความลับนี้แก่พระมหาเถรคันฉ่องผู้เป็นอาจารย์ของตน ทุกคนไม่มีใครเห็นดีด้วยกับแผนการของพระเจ้ากรุงหงสาวดี เพราะมหาเถรคันฉ่องกับสมเด็จพระนเรศวรเคยรู้จักชอบพอกันมาก่อน
กองทัพไทยยกมาถึงเมืองแครง เมื่อวันขึ้น 1 ค่ำ เดือน 6 ปีวอก พ.ศ. 2127 โดยใช้เวลาเดินทัพเกือบสองเดือน กองทัพไทยตั้งทัพอยู่นอกเมือง เจ้าเมืองแครงพร้อมทั้งพระยาเกียรติกับพระยารามได้มาเฝ้าฯ สมเด็จพระนเรศวร จากนั้นสมเด็จพระนเรศวรได้เสด็จไปเยี่ยมพระมหาเถรคันฉ่องซึ่งคุ้นเคยกันดีมาก่อน พระมหาเถรคันฉ่องมีใจสงสารจึงกราบทูลถึงเรื่องการคิดร้ายของทางกรุงหงสาวดี แล้วให้พระยาเกียรติกับพระยารามกราบทูลให้ทราบตามความเป็นจริง เมื่อพระองค์ได้ทราบความโดยตลอดแล้ว ก็ทรงมีพระราชดำริเห็นว่าการเป็นอริราชศัตรูกับกรุงหงสาวดีนั้น ถึงกาลเวลาที่จะต้องเปิดเผยต่อไปแล้ว จึงได้มีรับสั่งให้เรียกประชุมแม่ทัพนายกอง กรมการเมือง เจ้าเมืองแครงรวมทั้งพระยาเกียรติพระยารามและทหารมอญมาประชุมพร้อมกัน แล้วนิมนต์พระมหาเถรคันฉ่องและพระสงฆ์มาเป็นสักขีพยาน ทรงแจ้งเรื่องให้คนทั้งปวงที่มาชุมนุม ณ ที่นั้นทราบว่า พระเจ้าหงสาวดีคิดประทุษร้ายต่อพระองค์ จากนั้นพระองค์ได้ทรงหลั่งน้ำลงสู่แผ่นดินด้วยสุวรรณภิงคาร (พระน้ำเต้าทองคำ) ประกาศแก่เทพยดาฟ้าดินว่า "ด้วยพระเจ้าหงสาวดี มิได้อยู่ในครองสุจริตมิตรภาพขัตติยราชประเพณี เสียสามัคคีรสธรรม ประพฤติพาลทุจริต คิดจะทำอันตรายแก่เรา ตั้งแต่นี้ไป กรุงศรีอยุธยาขาดไมตรีกับกรุงหงสาวดีมิได้เป็นมิตรร่วมสุวรรณปฐพีเดียวกันดุจดังแต่ก่อนสืบไป"
จากนั้นพระองค์ได้ตรัสถามชาวเมืองแครงว่าจะเข้าข้างฝ่ายใด พวกมอญทั้งปวงต่างเข้ากับฝ่ายไทย สมเด็จพระนเรศวรจึงให้จับเจ้าเมืองกรมการพม่าแล้วเอาเมืองแครงเป็นที่ตั้งประชุมทัพ เมื่อจัดกองทัพเสร็จก็ทรงยกทัพจากเมืองแครงไปยังเมืองหงสาวดีเมื่อวันแรม 3 ค่ำ เดือน 6
ฝ่ายพระมหาอุปราชาที่อยู่รักษาเมืองหงสาวดี เมื่อทราบว่าพระยาเกียรติพระยารามกลับไปเข้ากับสมเด็จพระนเรศวร จึงได้แต่รักษาพระนครมั่นอยู่ สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกทัพข้ามแม่น้ำสะโตงไปใกล้ถึงเมืองหงสาวดี ได้ทราบความว่า พระเจ้ากรุงหงสาวดีมัชัยชนะได้เมืองอังวะแล้ว กำลังจะยกทัพกลับคืนพระนคร พระองค์เห็นว่าสถานการณ์ครั้งนี้ไม่สมคะเน เห็นว่าจะตีเอาเมืองหงสาวดีในครั้งนี้ยังไม่ได้ จึงให้กองทัพแยกย้ายกันเที่ยวบอกพวกครัวไทยที่พม่ากวาดต้อนไปแต่ก่อนให้อพยพกลับบ้านเมือง ได้ผู้คนมาประมาณหมื่นเศษให้ยกล่วงหน้าไปก่อน พระองค์ทรงคุมกองทัพยกตามมาข้างหลัง
ฝ่ายพระมหาอุปราชาทราบข่าวว่า สมเด็จพระนเรศวรกวาดต้อนคนไทยกลับจึงได้ให้สุรกรรมาเป็นกองหน้า พระมหาอุปราชาเป็นกองหลวงยกติดตามกองทัพไทยมา กองหน้าของพม่าตามมาทันที่ริมฝั่งแม่น้ำสะโตง ในขณะที่ฝ่ายไทยได้ข้ามแม่น้ำไปแล้ว และคอยป้องกันมิให้ข้าศึกข้ามตามมาได้ ได้มีการต่อสู้กันที่ริมฝั่งแม่น้ำ สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้พระแสงปืนคาบชุดยาวเก้าคืบ ยิงถูกสุรกรรมาแม่ทัพหน้าพม่าตายบนคอช้าง กองทัพของพม่าเห็นแม่ทัพตาย ก็พากันเลิกทัพกลับไป เมื่อพระมหาอุปราชาแม่ทัพหลวงทรงทราบ จึงให้เลิกทัพกลับไปกรุงหงสาวดี พระแสงปืนที่ใช้ยิงสุรกรรมาตายบนคอช้างนี้ได้นามปรากฏต่อมาว่า "พระแสงปืนต้นข้ามแม่น้ำสะโตง" นับเป็นพระแสงอัษฎาวุธ อันเป็นเครื่องราชูปโภค ยังปรากฏอยู่จนถึงทุกวันนี้
เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเสด็จกลับถึงเมืองแครง ทรงพระราชดำริว่าพระมหาเถรคันฉ่องกับพระยาเกียรติพระยารามได้มีอุปการะมาก สมควรได้รับการตอบแทนให้สมแก่ความชอบ จึงทรงชักชวนให้มาอยู่ในกรุงศรีอยุธยา พระมหาเถรคันฉ่องกับพระยามอญทั้งสองก็มีความยินดีพาพรรคพวกสเด็จเข้ามาด้วยเป็นอันมาก ในการยกกำลังกลับครั้งนี้สมเด็จพระนเรศวรทรงเกรงว่า ข้าศึกอาจยกทัพตามมาอีกถ้าเสด็จกลับทางด่านแม่ละเมา มีกองทัพของนันทสูราชสังครำตั้งอยู่ที่เมืองกำแพงเพชรจะเป็นอุปสรรคต่อการเดินทาง พระองค์จึงรีบสั่งให้พระยาเกียรติ พระยาราม นำทัพเดินผ่านหัวเมืองมอญลงมาทางใต้ มาเข้าทางด่านเจดีย์สามองค์ เมื่อกลับมาถึงกรุงศรีอยุธยาแล้ว สมเด็จพระมหาธรรมราชาก็พระราชทานบำเหน็จรางวัลแก่พวกมอญที่สวามิภักดิ์ ทรงตั้งพระมาหาเถรคันฉ่องเป็นพระสังฆราชาที่สมเด็จอริยวงศ์ และให้พระยาเกียรติ พระยารามมีตำแหน่งยศได้พระราชทานพานทองควบคุมมอญที่เข้ามาด้วย ให้ตั้งบ้านเรือนที่ริมวัดขมิ้นและวัดขุนแสนใกล้วังจันทร์ของสมเด็จพระนเรศวร แล้วทรงมอบการทั้งปวงที่จะตระเตรียมต่อสู้ข้าศึกให้สมเด็จพระนเรศวรทรงบังคับบัญชาสิทธิขาดแต่นั้นมา
รบกับพระยาพสิมปี พ.ศ. 2127 หลังจากที่สมเด็จพระนเรศวรทรงประกาศอิสรภาพได้ 7 เดือน พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงจึงจัดทัพสองทัพให้ยกมาตีไทย ทัพแรกมีพระยาพสิม (เป็นพระเจ้าอาของพระเจ้าหงสาวดี) คุมกำลัง 30,000 โดยยกมาทางด่านเจดีย์สามองค์ ทัพที่สองมีเจ้าเมืองเชียงใหม่ชื่อมังนรธาช่อราชอนุชา ยกทัพบกและเรือมา จากเชียงใหม่มีกำลังพล 100,000 กองทัพพระยาพสิมยกเข้ามาถึงเมืองกาญจนบุรี (ถึงก่อนทัพเจ้าเมืองเชียงใหม่) สมเด็จพระนเรศวรทรงให้พระยาจักรียกทัพเรือไปยิงปืนใหญ่ดักข้าศึกแถวๆเมืองสุพรรณบุรี ทัพพม่าถูกปืนใหญ่แตกพ่ายหนีไปอยู่บนเขาพระยาแมน เจ้าพระยาสุโขทัยยกทัพไปเขาพระยาแมน เข้าตีทัพพระยาพสิมแตกพ่ายหนีกระเจิง เจ้าพระยาสุโขทัยจึงสั่งให้ตามบดขยี้ข้าศึกจนถึงชายแดนเมืองกาญจนบุรี หลังจากทัพพระยาพสิมแตกพ่ายหนีกลับไปได้สองอาทิตย์ กองทัพพระยาเชียงใหม่ได้เดินทัพมาถึงชัยนาท โดยที่ไม่ทราบข่าวการพ่ายแพ้ของพระยาพสิมจึงส่ง แม่ทัพและทหารจำนวนหนึ่งมาตั้งค่ายที่ปากน้ำบางพุทรา ทางสมเด็จพระนเศวรทรงรับสั่งให้พระราชมนูยกทัพไปตีข้าศึกที่ปากน้ำบางพุทรา เมื่อไปถึงพระราชมนูเห็นว่ากำลังน้อยกว่ามาก (พม่ามีอยู่ 15,000 ไทยมี 3,200 คน) จึงแต่งกองโจรคอยดักฆ่าพม่าจนเสียขวัญถอยกลับไปชัยนาท สุดท้ายทัพพม่าจึงถอยกลับไป
รบกับพระเจ้าเชียงใหม่ที่บ้านสระเกศพ.ศ. 2128 พระเจ้าเชียงใหม่ยกกองทัพมาแก้แค้นตั้งอยู่ที่บ้านสระเกษในแขวงเมืองวิเศษชัยชาญ สมเด็จพระนเรศวรกับพระเอกาทศรถยกทัพไปถึงตำบลป่าโมก ก็พบกับกองทัพพม่าซึ่งลงมาเที่ยวรังแกราษฎรทางเมืองวิเศษชัยชาญ จึงได้เข้าโจมตีจนทัพพม่าล่าถอยไป พระเจ้าเชียงใหม่จึงจัดกองทัพยกลงมาอีก สมเด็จพระนเรศวรจึงดำรัสสั่งให้พระราชมนูคุมกองทัพขึ้นไปลาดตระเวนดูก่อน กองทัพพระราชมนูไปปะทะกับพม่าที่บ้านบางแก้ว สมเด็จพระนเรศวรเสด็จขึ้นไปถึงบ้านแห จึงมีดำรัสให้ข้าหลวงขึ้นไปสั่งพระราชมนูให้ทำเป็นล่าทัพกลับถอยลงมา แล้วพระองค์กับพระอนุชาก็รุกไล่ตีทัพพม่าแตกพ่ายทั้งทัพหน้าและทัพหลวงจนถึงค่ายที่ตั้งทัพของพระเจ้าเชียงใหม่ที่บ้านสระเกษ ทัพของพระเจ้าเชียงใหม่จึงแตกกระจัดกระจายไป
เมื่อได้ค่ายที่บ้านสระเกศแล้วสมเด็จพระนเรศวรทรงติดตามพระเจ้าเชียงใหม่ขึ้นไปถึงนครสวรรค์ ทรงทราบข่าวว่าพระเจ้าเชียงใหม่นี้หนีไปอาศัยอยู่กับพระมหาอุปราชาที่เมืองกำแพงเพชรแล้ว หากติดตามไปอาจเสียทีพระมหาอุปราชาได้ จึงได้วางกำลังส่วนหนึ่งเป็นหน่วยลาดตระเวนเอาไว้ที่เมืองนครสวรรค์ แล้วยกทัพลงไปสมทบที่ปากน้ำบางพุทธา และถวายรายงานพร้อมคาดการณ์ว่าข้าศึกไม่น่าจะยกพลมาถึงกรุงศรีอยุธยาก่อนฤดูแล้ง ต่อมาสมเด็จพระมหาธรรมราชามีรับสั่งให้เลิกกองทัพเสด็จกลับพระนคร
พระแสงดาบคาบค่าย
สมเด็จพระนเรศวรทรงพาทหารรักษาพระองค์ และเอาพระองค์ออกนำหน้าทรงคาบพระแสงดาบขึ้นปล้นค่ายพระเจ้าหงสาวดี แต่พวกพม่าต่อสู้และป้องกันไว้เข้าค่ายไม่ได้ปีพ.ศ. 2129 พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงยังไม่เข็ดหลาบในความพ่ายแพ้ จึงประชุมกองทัพจำนวน 250,000 คนยกทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา ในช่วงต้นเดือนยี่ข้าวในนายังเกี่ยวไม่เสร็จ สมเด็จพระนเรศวรจึงรับสั่งให้เจ้าพระยากำแพงเพชรยกทัพออกไปป้องกันชาวนาที่กำลังเกี่ยวข้าว พอทัพพม่าของพระมหาอุปราชยกทัพมาถึงก็ให้ทัพม้าเข้าตีจนทัพเจ้าพระยากำแพงเพชรแตกพ่ายหนีเข้าเมือง สมเด็จพระนเรศวรทรงพิโรธอย่างมาก เพราะไทยไม่เคยแตกพ่ายแพ้ต่อข้าศึกอาจทำให้ทหารขวัญเสีย พระองค์และสมเด็จเอกาทศรถทรงเสด็จลงเรือพระที่นั่งออกไปรบทันที (สมเด็จพระเอกาทศรถทรงถูกกระสุนปืนแต่ไม่เป็นอะไร เพียงแค่ฉลองพระองค์ขาดเท่านั้น) ผลปรากฏว่าทรงยึดค่ายคืนมาได้ สมเด็จพระนเรศวรทรงรับสั่งประหารชีวิตเจ้าพระยากำแพงเพชร แต่โชคดีที่พระบิดาสมเด็จพระมหาธรรมราชาทรงขอชีวิตเอาไว้[24] การศึกครั้งนี้พม่าหมายหมั้นจะตีกรุงศรีอยุธยาให้ได้ แต่ด้วยความแข็งแกร่งของทหารไทยจึงรักษาที่มั่นเอาไว้ได้เสมอ ทรงเสด็จออกปล้นค่ายพม่าซึ่งเป็นทัพหน้าของหงสาวดี ข้าศึกแตกพ่ายถอยหนี พระองค์จึงไล่ตีมาจนถึงค่ายหลวงของพระเจ้าหงสาวดี ทรงเสด็จลงจากม้าคาบพระแสงดาบแล้วนำทหารปีนบันไดขึ้นกำแพงข้าศึก แต่ถูกพม่าใช้หอกแทงตกลงมาข้างล่างหลายครั้งจึงทรงเสด็จกลับพระนคร พระแสงดาบนี้มีนามว่า พระแสงดาบคาบค่าย
ในพงศาวดารกล่าวว่า พระเจ้าหงสาวดีทรงทราบการกระทำอันห้าวหาญของสมเด็จพระนเรศวรจึงทรงตรัสว่า ถ้าพระนเรศวรออกมาอีกจะต้องจับพระองค์ ให้ได้ถึงแม้ว่าจะใช้ทหารมากมายเพียงใด จึงวางแผนให้ลักไวทำมูนำทหารจำนวน 10,000 ไปดักจับ สมเด็จพระนเรศวรทรงออกไปปล้นค่ายหลวงพม่าอีก พม่าจึงใช้ทหารจำนวนน้อยเข้าล่อให้พระองค์ไล่ตี เข้ามาจนถึงบริเวณที่ลักไวทำมูซุ่มรออยู่ ลักไวทำมูจะเข้ามาจับพระองค์ สมเด็จพระนเรศวรจึงใช้พระแสงทวนแทงลักไวทำมูตายทันที แต่พระองค์ยังถูกล้อมอยู่และสู้กับทหารพม่า จำนวนมากนานร่วมชั่วโมง จนทัพไทยตามมาทันจึงเสด็จกลับพระนครได้ สุดท้ายกองทัพหงสาวดีบอบช้ำจากการสู้รบกับไทยอย่างมากจึงถอยทัพกลับไปเช่นเดิม
พระมหากษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยานับตั้งแต่สมเด็จพระนเรศวรประกาศอิสรภาพเป็นต้นมา หงสาวดีได้เพียรส่งกองทัพเข้ามาหลายครั้ง แต่ก็ถูกกองทัพกรุงศรีอยุธยาตีแตกพ่ายไปทุกครั้ง เมื่อสมเด็จพระมหาธรรมราชาเสด็จสวรรคตเมื่อปี พ.ศ. 2133 พระองค์ได้เสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อวันอาทิตย์ที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2133 เมื่อพระชนมายุได้ 35 พรรษา ทรงพระนามว่า สมเด็จพระนเรศวร หรือ สมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ 2 และโปรดเกล้า ฯ ให้พระเอกาทศรถ พระอนุชา ขึ้นเป็นพระมหาอุปราช แต่มีศักดิ์เสมอพระมหากษัตริย์อีกพระองค์
พระมหาอุปราชายกทัพมาครั้งแรกสมเด็จพระนเรศวรเสวยราชย์ได้ 8 เดือนก็เกิดข้าศึกพม่าอีก เหตุที่จะเกิดศึกครั้งนี้คือเจ้าฟ้าไทยใหญ่เมืองคังตั้งแข็งเมืองขึ้นอีก พระเจ้าหงสาวดีตรัสปรึกษาเสนาบดี เห็นกันว่าเป็นเพราะเหตุที่เจ้าเมืองคังได้ทราบว่าปราบกรุงศรีอยุธยาไม่สำเร็จ จึงตั้งแข็งเมืองเอาอย่างบ้างตราบใดที่ยังไม่ปราบกรุงศรีอยุธยาลงได้[28] ถึงแม้จะปราบเมืองคังได้ เมืองอื่นก็คงแข้งข้อเอาอย่าง แต่ในเวลานั้นพระเจ้าหงสาวดีทรงอยู่ในวัยชราทุพพลภาพ ไม่ทรงสามารถจะไปทำสงครามเอาได้ดังแต่ก่อน จึงจัดกองทัพขึ้นสองทัพ ให้ราชบุตรองค์หนึ่งซึ่งได้เป็นพระเจ้าแปรขึ้นใหม่ ยกไปตีเมืองคังทัพหนึ่งให้พระยาพสิม พระยาพุกามเป็นกองหน้า พระมหาอุปราชาเป็นกองหลวงยกลงมาตีกรุงศรีอยุธยาอีกทัพหนึ่ง พระมหาอุปราชายกออกจากกรุงหงสาวดีเมื่อเดือน 12 พ.ศ. 2133 มาเข้าทางด่านพระเจดีย์สามองค์ เพื่อตรงมาตีพระนครศรีอยุธยาทีเดียว
ฝ่ายทางกรุงศรีอยุธยาครั้งนี้ รู้ตัวช้าจึงเกิดความลำบาก ไม่มีเวลาจะต้อนผู้คนเข้าพระนครดังคราวก่อนๆ สมเด็จพระนเรศวรทรงเห็นว่าจะคอยต่อสู้อยู่ในกรุงอาจไม่เป็นผลดีเหมือนหนหลัง จึงรีบเสด็จยกกองทัพหลวงออกไปกับสมเด็จพระเอกาทศรถ ในเดือนยี่ เมือเสด็จไปถึงเมืองสุพรรณบุรีได้ทรงทราบว่าข้าศึกยกล่วงเมืองกาญจนบุรีเข้ามาแล้ว จึงให้ตั้งทัพหลวงรับข้าศึกอยู่ที่ลำน้ำท่าคอย พอกองทัพพม่ายกมาถึงก็รบกันอย่างตะลุมบอน พระยาพุกามแม่ทัพพม่าคนหนึ่งตายในที่รบ กองทัพพม่าถูกไทยฆ่าฟันล้มตายเป็นอันมาก ที่เหลือก็พากันพ่ายหนี ไทยไล่ติดตามไปจับพระยาพสิมได้ที่บ้านจระเข้สามพันอีกคนหนึ่ง พระมหาอุปราชาเองก็หนีไปได้อย่างหวุดหวิด เมื่อกลับไปถึงหงสาวดีพวก แม่ทัพนายกองก็ถูกลงอาญาไปตามๆ กัน พระมหาอุปราชาก็ถูกภาคทัณฑ์ให้ทำการแก้ตัวในภายหน้า
สงครามยุทธหัตถีภาพแกะสลักนูนต่ำจำลองเหตุการณ์ยุทธหัตถีของสมเด็จพระนเรศวร ณ ฐานพระบรมราชานุสาวรีย์ที่ดอนเจดีย์ จังหวัดสุพรรณบุรีในปี พ.ศ. 2135 พระเจ้าหงสาวดี นันทบุเรง โปรดให้พระมหาอุปราชา นำกองทัพทหารสองแสนสี่หมื่นคน มาตีกรุงศรีอยุธยาหมายจะชนะศึกในครั้งนี้ สมเด็จพระนเรศวร ทรงทราบว่า พม่าจะยกทัพใหญ่มาตี จึงทรงเตรียมไพร่พล มีกำลังหนึ่งแสนคนเดินทางออกจากบ้านป่าโมกไปสุพรรณบุรี ข้ามน้ำตรงท่าท้าวอู่ทอง และตั้งค่ายหลวงบริเวณหนองสาหร่าย
เช้าของวันจันทร์ แรม ๒ ค่ำ เดือนยี่ ปีมะโรง พ.ศ. 2135 สมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถทรงเครื่องพิชัยยุทธ สมเด็จพระนเรศวรทรงช้าง นามว่า เจ้าพระยาไชยานุภาพ ส่วนพระสมเด็จพระเอกาทศรถ ทรงช้างนามว่า เจ้าพระยาปราบไตรจักร ช้างทรงของทั้งสองพระองค์นั้นเป็นช้างชนะงา คือช้างมีงาที่ได้รับการฝึกให้รู้จักการต่อสู้มาแล้วหรือเคยผ่านสงครามชนช้าง ชนะช้างตัวอื่นมาแล้ว ซึ่งเป็นช้างที่กำลังตกมัน ในระหว่างการรบจึงวิ่งไล่ตามพม่าหลงเข้าไปในแดนพม่า มีเพียงทหารรักษาพระองค์และจาตุรงค์บาทเท่านั้นที่ติดตามไปทัน
สมเด็จพระนเรศวรทอดพระเนตรเห็นพระมหาอุปราชาทรงพระคชสารอยู่ในร่มไม้กับเหล่าเท้าพระยา จึงทราบได้ว่าช้างทรงของสองพระองค์หลงถลำเข้ามาถึงกลางกองทัพ และตกอยู่ในวงล้อมข้าศึกแล้ว แต่ด้วยพระปฏิภาณไหวพริบของสมเด็จพระนเรศวร ทรงเห็นว่าเป็นการเสียเปรียบข้าศึกจึงไสช้างเข้าไปใกล้ แล้วตรัสถามด้วยคุ้นเคยมาก่อนแต่วัยเยาว์ว่า "พระเจ้าพี่เราจะยืนอยู่ใยในร่มไม้เล่า เชิญออกมาทำยุทธหัตถีด้วยกัน ให้เป็นเกียรติยศไว้ในแผ่นดินเถิด ภายหน้าไปไม่มีพระเจ้าแผ่นดินที่จะได้ยุทธหัตถีแล้ว"
พระมหาอุปราชาได้ยินดังนั้น จึงไสช้างนามว่า พลายพัทธกอเข้าชนเจ้าพระยาไชยานุภาพเสียหลัก พระมหาอุปราชาทรงฟันสมเด็จพระนเรศวรด้วยพระแสงของ้าว แต่สมเด็จพระนเรศวรทรงเบี่ยงหลบทัน จึงฟันถูกพระมาลาหนังขาด จากนั้นเจ้าพระยาไชยานุภาพชนพลายพัทธกอเสียหลัก สมเด็จพระนเรศวรทรงฟันด้วยพระแสงของ้าวถูกพระมหาอุปราชาเข้าที่อังสะขวา สิ้นพระชนม์อยู่บนคอช้าง
ส่วนสมเด็จพระเอกาทศรถทรงฟันเจ้าเมืองจาปะรีเสียชีวิตเช่นกัน ทหารพม่าเห็นว่าแพ้แน่แล้ว จึงใช้ปืนระดมยิงใส่สมเด็จพระนเรศวรได้รับบาดเจ็บ ทันใดนั้น ทัพหลวงไทยตามมาช่วยทัน จึงรับทั้งสองพระองค์กลับพระนคร พม่าจึงยกทัพกลับกรุงหงสาวดีไป นับแต่นั้นมาก็ไม่มีกองทัพใดกล้ายกมากล้ำกรายกรุงศรีอยุธยาอีกเป็นระยะเวลาอีกยาวนาน
สงครามตีเมืองทะวายและตะนาวศรีศึกทะวายและตะนาวศรีนั้น เป็นการรบในระหว่างคนต้องโทษกับคนต้องโทษด้วยกัน กล่าวคือ ทางกรุงศรีอยุธยพาพวกนายทัพที่ตามเสด็จไม่ทันในวันยุทธหัตถีนั่นมีถึง 6 คนคือ พระยาพิชัยสงคราม พระยารามกำแหง เจ้าพระยาจักรี พระยาพระคลัง และพระยาศรีไสยณรงค์ สมเด็จพระนเรศวรรับสั่งให้ปรึกษาโทษ ลูกขุนปรึกษาโทษให้ประหารชีวิต สมเด็จพระวันรัตสังฆปรินายกมาถวายพระพรบรรยายว่า การที่แม่ทัพเหล่านั้นตามเสด็จไม่ทัน ก็เพราะบุญญาภินิหารของพระองค์ สมเด็จพระนเรศวรที่จะได้รับเกียรติคุณเป็นวีรบุรุษที่แท้จริง ด้วยเหตุว่าถ้าพวกนั้นตามไปทันแล้วถึงจะชนะก็ไม่เป็นชื่อเสียงใหญ่หลวงเหมือนที่เสด็จไปโดยลำพัง เมื่อเห็นว่าสมเด็จพระนเรศวรทรงเลื่อมใสในคำบรรยายข้อนี้แล้ว สมเด็จพระวันรัตก็ทูลขอโทษพวกแม่ทัพเหล่านี้ไว้ สมเด็จพระนเรศวรก็โปรดประทานให้ แต่พวกนี้จะต้องไปตีทะวายและตะนาวศรีเป็นการแก้ตัว จึงให้เจ้าพระยาจักรีเป็นแม่ทัพคุมพลห้าหมื่นไปตีตะนาวศรี พระยาพระคลังคุมกำลังพลหมื่นเหมือนกันไปตีทะวาย สว่นแม่ทัพอื่นๆ ที่ต้องโทษก็แบ่งกันไปในสองกองทัพนี้ทคือพระยาพิชัยสงครามกับพระยารามคำแหงไปตีเมืองทะวายกับพระยาพระคลัง และให้พระยาเทพอรชุนกับพระยาศรีไสยณรงค์ไปตีเมืองตะนาวศรีกับเจ้าพระยาจักรี
ส่วนทางหงสาวดีนั้น เมื่อพระเจ้าหงสาวดีเสียพระโอรสรัชทายาทแล้วก็โทมนัส ให้ขังแม่ทัพนายกองไว้ทั้งหมด แต่ภายหลังทรงดำริว่าไทยชนะพม่าในครั้งนี้แล้วก็จะต้องมาตีพม่าโดยไม่ต้องสงสัย ก่อนที่ไทยไปรบพม่าก็จะต้องดำเนินการอย่างเดียวกันกับที่พม่ารบกับไทย กล่าวคือ จะต้องเอามอญไว้ในอำนาจเสียก่อนและเป็นการแน่นอนว่าไทยจะต้องเข้ามาตีทะวายและตะนาวศรี ด้วยเหตุนี้จึงให้แม่ทัพนายกองที่ไปแพ้สงครามมาครั้งนี้ไปทำการแก้ตัวรักษาเมืองตะนาวศรีและเมืองทะวาย เป็นอันว่าทั้งผู้รบและผู้รับทั้งสองฝ่ายตกอยู่ในฐานคนผิดที่จะต้องทำการแก้ตัวทั้งสิ้น
ในการรบทะวายและตะนาวศรีครั้งนี้แม่ทัพทั้งสองคือ เจ้าพระยาจักรีและพระยาคลัง ทำการกลมเกลียวกันเป็นอย่างยิ่ง ถึงแม้สมเด็จพระนเรศวรจะได้แบ่งหน้าที่ให้ตีคนละเมือง ก็ยังมีการติดต่อช่วยเหลือกันและกัน ในที่สุดแม่ทัพทั้งสองก็รบชนะทั้งสองเมืองและบอกเข้ามายังกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระนเรศวรได้โปรดเกล้าฯ ให้พระยาศรีไสยณรงค์อยู่ครองเมืองตะนาวศรี ส่วนทางเมืองทะวายนั้นให้เจ้าเมืองทะวายคนเก่าครองต่อไป ชัยชนะครั้งนี้เป็นอันทำให้แม่ทัพทั้งหลายพ้นโทษ แต่ทางพม่าแม่ทัพกลับถูกทำโทษประการใดไม่ปรากฏ แต่อย่างไรก็ดี การที่ชัยชนะทะวายและตะนาวศรีครั้งนี้ ทำให้อำนาจของไทยแผ่ลงไปทางใต้เท่ากับในรัชสมัยพ่อขุนรามคำแหงมหาราช
ปราบปรามเขมรและฟื้นฟูหัวเมืองเหนือ
ปลายปี พ.ศ. 2136 สมเด็จพระนเรศวรยกกองทัพหลวงไปตีกรุงกัมพูชา มีชัยชนะจับนักพระสัฏฐาเจ้ากรุงกัมพุชาได้ให้ประหารชีวิตเสียในพิธีปฐมกรรม แล้วกวาดต้อนครอบครัวเขมรมาเป็นเชลยเป็นอันมาก[39] ครั้นเสด็จกลับมาถึงพระนครจึงดำรัสสั่งให้ตั้งหัวเมืองเหนือที่ได้ทิ้งให้ร้างเมื่อเวลาทำสงครามกู้อิสรภาพอยู่ 8 ปีนั้น ให้กลับมามีเจ้าเมืองกรมการปกครองดังแต่ก่อน ทรงตั้งข้าราชการที่มีบำเหน็จความชอบให้ไปเป็นผู้ปกครองคือ พระยาชัยบูรณ์ข้าหลวงเดิมที่ได้ทรงใช้สอยทำศึกมาแต่แรกนั้น ให้เป็นเจ้าพระยาสุรสีห์ไปครองเมืองพิษณุโลก ให้พระศรีเสาวราชไปครองเมืองสุโขทัย ให้พระองค์ทองไปครองเมืองพิชัย ให้หลวงจ่า (แสนย์) ไปครองเมืองสวรรคโลก แล้วเข้าใจว่าส่งครอบครัวเขมรที่ได้มาคราวนั้นไปอยู่ที่หัวเมืองเหนือโดยมาก
ตีได้หัวเมืองมอญ
ปี พ.ศ. 2137 พระยาลาว เจ้าเมืองเมาะตะมะ เกิดวิวาทกับเจ้าพระยาพะโร เจ้าเมืองเมาะลำเลิง พระยาพะโรกลัวพระยาลาวจะมาตีเมาะลำเลิงจึงให้สมิงอุบากองถือหนังสือมาขอบารมีสมเด็จพระนเรศวรเป็นที่พึ่ง ขอพระราชทานกองทัพไปช่วยป้องกันเมือง สมเด็จพระนเรศวรจึงยอมรับช่วยเหลือพระยาพะโรทันที มีดำรัสสั่งให้พระยาศรีไศลออกไปช่วยรักษาเมืองเมาะลำเลิง ซึ่งแต่บัดนี้ไปได้ยอมมาสวามิภักดิ์เป็นประเทศราชของไทย ฝ่ายข้างพระยาลาวเจ้าเมืองเมาะตะมะ ก็ไปขอความช่วยเหลือทางหงสาวดีบ้าง ทางหงสาวดีให้พระเจ้าตองอูยกทัพมาช่วย แต่กองทัพไทยกับมอญเมาะลำเลิงได้ตีทัพพระเจ้าตองอูแตกไป
ตีเมืองหงสาวดีครั้งแรกการที่สมเด็จพระนเรศวร ได้หัวเมืองมอญฝ่ายใต้มาเป็นเมืองขึ้น นับว่าเป็นจุดหักเหที่มีนัยสำคัญ ของการสงครามไทยกับพม่า จากเดิม ฝ่ายพม่าเป็นฝ่ายยกทัพมาย่ำยีไทยมาโดยตลอด การได้หัวเมืองมอญฝ่ายใต้ ทำให้ไทยใช้เป็นฐานทัพ ที่จะยกกำลังไปตีเมืองหงสาวดีได้สะดวก
สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกกองทัพหลวงไปตีเมืองหงสาวดี ออกจากพระนคร เมื่อวันอาทิตย์ ขึ้น3 ค่ำ เดือนอ้าย ปีมะแม พ.ศ. 2138 มีกำลังพล 120,000 คน เดินทัพไปถึงเมืองเมาะตะมะ แล้วรวบรวมกองทัพมอญเข้ามาสมทบ จากนั้น ได้เสด็จยกกองทัพหลวงไปยังเมืองหงสาวดี เข้าล้อมเมืองไว้ กองทัพไทยล้อมเมืองหงสาวดีอยู่ 3 เดือน และได้เข้าปล้นเมือง เมื่อวันจันทร์ แรม 13 ค่ำ เดือน 4 ครั้งหนึ่ง แต่เข้าเมืองไม่ได้ ครั้นเมื่อทรงทราบว่าพระเจ้าแปร พระเจ้าอังวะ พระเจ้าตองอู ได้ยกกองทัพลงมาช่วยพระเจ้าหงสาวดีถึงสามเมือง เห็นว่าข้าศึกมีกำลังมากนัก จึงทรงให้เลิกทัพกลับ เมื่อวันสงกรานต์ เดือน 5 ปีวอก พ.ศ. 2139 และได้กวาดต้อนครอบครัวในหัวเมืองมณฑลหงสาวดี มาเป็นเชลยเป็นอันมาก และกองทัพข้าศึกมิได้ยกติดตามมารบกวนแต่อย่างใด
การสงครามครั้งนี้ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงสันนิษฐานว่า สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกทัพไปครั้งนี้ เป็นการจู่ไป โดยไม่ให้ข้าศึกมีเวลาพอตระเตรียมการต่อสู้ได้พรักพร้อม และพระราชประสงค์ที่ยกไปนั้น น่าจะมีอยู่ 3 ประการคือ
ประการแรก ถ้าสามารถตีเอาเมืองหงสาวดีได้ก็จะตีเอาทีเดียว
ประการที่สอง ถ้าตีเมืองหงสาวดียังไม่ได้ครั้งนี้ ก็จะตรวจภูมิลำเนา และกำลังข้าศึกให้รู้ไว้ สำหรับคิดการคราวต่อไป
ประการที่สาม คงคิดกวาดต้อนผู้คนมาเป็นเชลยให้มาก เพื่อประสงค์จะตัดทอนกำลังข้าศึก และเอาผู้คนมาเพิ่มเติม เป็นกำลังสำหรับพระราชอาณาจักรต่อไป
ข้อสันนิฐานอื่น ๆ มีอยู่ว่า การกวาดต้อนผู้คนกลับพระราชอาณาจักรไทยครั้งนี้ น่าจะได้ช่วยนำคนไทย ผู้ซึ่งถูกพม่ากวาดต้อนเอาไปเป็นเชลย แล้วเอาตัวไว้ใช้งานตามเมืองต่าง ๆ กลับมาด้วย ประการต่อมา สาเหตุที่ยกทัพกลับนั้น นอกจากจะทรงเห็นว่า กองทัพข้าศึกกำลังระดมยกมาจากอีกสามเมืองใหญ่ มีกำลังมากแล้ว เสบียงอาหารของกองทัพไทยก็น่าจะขาดแคลน เพราะมีกำลังพลมาก และล้อมเมืองหงสาวดีอยู่นานถึงสามเดือน ประกอบกับใกล้เข้าสู่ฤดูฝนแล้ว และประการสุดท้าย การที่พระองค์ถอนทัพกลับ โดยที่พม่าไม่ได้ยกติดตามตีหรือรบกวนแต่อย่างใด ทั้งที่มีพลเรือนที่ถูกกวาดต้อนมาเป็นจำนวนมาก เช่นเดียวกับครั้งสงครามประกาศอิสรภาพที่เมืองแครง ก็น่าจะเป็นเพราะพระองค์ดำเนินการถอนทัพ และนำผู้คนพลเรือนกลับมาอย่างมีระบบ โดยให้พลเรือนล่วงหน้าไปก่อน อย่างครั้งสงครามประกาศอิสรภาพ พม่าไม่กล้าติดตาม เพราะได้ทราบบทเรียนจากครั้งนั้น ประกอบกับความเกลงกลัวในพระบรมเดชานุภาพของสมเด็จพระนเรศวร และความเข้มแข็งเก่งกล้าสามารถของกองทัพไทยในครั้งนั้น ทำให้กองทัพไทยถอนทัพกลับได้โดยราบรื่น ปราศจากการรบกวนใด ๆ
ตีเมืองหงสาวดีครั้งที่สองสงครามครั้งสุดท้ายสวรรคตสมเด็จพระนเรศวรกับสมเด็จพระเอกาทศรถ เสด็จยกกองทัพออกจากพระนคร เมื่อวันพฤหัสบดี แรม 8 ค่ำ เดือนยี่ ปีมะโรง พ.ศ. 2148 เสด็จโดยกระบวนเรือจากพระตำหนักป่าโมก แล้วเสด็จขึ้นบนที่ตำบล เอกราชไปตั้งทัพชัย ณ ตำบลพระหล่อ แล้วยกกองทัพบกไปทางเมืองกำแพงเพชรสู่เมืองเชียงใหม่ ครั้นเสด็จถึงเมืองเชียงใหม่ก็หยุดพักจัดกระบวนทัพอยู่หนึ่งเดือน แล้วให้กองทัพสมเด็จพระเอกาทศรถยกไปทางเมืองฝาง ส่วนกองทัพหลวงยกไปทางเมืองหาง ครั้นเสด็จถึงเมืองหางแล้วก็ให้ตั้งค่ายหลวงประทับอยู่ที่ทุ่งแก้ว สมเด็จพระนเรศวรทรงพระประชวรเป็นระลอกขึ้นที่พระพักตร์ แล้วกลายเป็นบาดทะพิษพระอาการหนัก จึงโปรดให้ข้าหลวงรีบไปเชิญเสด็จสมเด็จพระเอกาทศรถมาเฝ้า สมเด็จพระเอกาทศรถเสด็จฯ มาถึงได้ 3 วัน สมเด็จพระนเรศวรก็เสด็จสวรรคต เมื่อวันจันทร์ ขึ้น 8 ค่ำ เดือน 6 ปีมะเส็ง ตรงกับวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2148 สิริพระชนมพรรษา 50 พรรษา รวมสิริดำรงราชสมบัติ 15 ปี สมเด็จพระเอกาทศรถจึงได้อัญเชิญพระบรมศพสมเด็จพระนเรศวรกลับกรุงศรีอยุธยา
ชีวิตส่วนพระองค์พระราชประวัติของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชส่วนใหญ่ได้จากพงศาวดารอยุธยา ซึ่งมักมีการจดบันทึกในพระราชกรณียกิจ ซึ่งส่วนใหญ่บันทึกถึงการทำสงครามกับอาณาจักรเพื่อนบ้านเป็นอันมาก จนมองข้ามเกี่ยวกับเจ้านายฝ่ายในหรือพระมเหสีของพระองค์ แต่อย่างไรก็ตามได้มีการปรากฏพระนามของเจ้านายฝ่ายใน ในเอกสารของต่างชาติ 5 ฉบับด้วยกัน ซึ่งได้แก่ จดหมายเหตุสเปน (History of the Philippines and Other Kingdom) ของบาทหลวงมาร์เชโล เด ริบาเดเนย์รา (Marchelo de Ribadeneira, O.F.M), จดหมายเหตุวันวลิต, พงศาวดารละแวก, คำให้การขุนหลวงหาวัด และพงศาวดารพม่าฉบับหอแก้ว ซึ่งปรากฏพระนามพระนามพระมเหสี 3-4 พระองค์ โดยมีพระนามดังนี้
พระมณีรัตนา จากคำให้การขุนหลวงหาวัด
เจ้าขรัวมณีจันทร์ จากจดหมายเหตุวันวลิต
โยเดียมี้พระยา พระราชธิดาในพระเจ้านรธามังสอ กับพระนางเชงพยูเชงเมดอ ปฐมวงศ์พม่าที่ปกครองอาณาจักรล้านนา จากพงศาวดารพม่า
พระเอกกษัตรีย์ พระราชธิดาในพระเจ้าศรีสุพรรณมาธิราช เจ้าแผ่นดินเขมร จากพงศาวดารเขมร
อย่างไรก็ตามก็มีการกล่าวถึง พระมณีรัตนา และเจ้าขรัวมณีจันทร์ ว่าอาจเป็นบุคคลเดียวกัน และถือว่าเจ้าขรัวมณีจันทร์ มีบทบาทสูงกว่าพระมเหสีจากเชียงใหม่และเขมร โดยมีการสถาปนาพระนางเป็นอัครมเหสีดังที่ปรากฏในคำให้การขุนหลวงหาวัดที่กล่าวถึงเมื่อครั้งที่สมเด็จพระนเรศวรมหาราชเสด็จขึ้นเสวยราชย์สมบัติต่อจากพระราชบิดา ความว่า
ส่วนพระนเรศวรนั้น ก็เข้าไปยังกรุงศรีอยุธยา ก็เสด็จเข้าสู่พระราชฐานอันอัครเสนาบดีและมหาปุโรหิตทั้งปวง จึงทำการปราบดาภิเษกแล้วเชื้อเชิญให้เสวยราชสมบัติ จึงถวายอาณาจักรเวนพิภพแล้วจึงถวายเครื่องเบญจราชกกุธภัณฑ์ทั้ง ๕ และเครื่องมหาพิไชยสงครามทั้ง ๕ ทั้งเครื่องราชูปโภคทั้งปวงอันครบครัน แล้วจึงถวายพระนามใส่ในพระสุพรรณบัตรสมญา แล้วฝ่ายในกรมจึงถวายพระมเหษีพระนามชื่อพระมณีรัตนา และถวายพระสนมกำนัลทั้งสิ้น แล้วครอบครองราชสมบัติเมื่อจุลศักราช ๙๕๒ ปีขาลศก อันพระเอกาทศรถนั้นก็เปนที่มหาอุปราช
—
คำให้การขุนหลวงหาวัดหลังจากการสวรรคตของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช และสมเด็จพระเอกาทศรถได้เสด็จขึ้นครองราชย์ต่อนั้น เจ้าขรัวมณีจันทร์ได้ปรากฏอีกครั้งในจดหมายเหตุวันวลิต ที่ได้กล่าวว่า "พระชายาม่ายในพระเจ้าอยู่หัวในพระโกศ คือพระ Marit หรือ พระองค์ดำ" ได้เสด็จออกบวชชี และเป็นเหตุทำให้คนทั่วไปพากันเรียกว่า เจ้าขรัว จนกระทั่งมีเหตุการณ์หนึ่งที่พระราชโอรสพระองค์หนึ่งในสมเด็จพระเอกาทศรถ คือ เจ้าไล หรือศรี ได้มีเหตุวิวาทกับพระยาออกนา จนต้องพระราชอาญาจนถึงชีวิต เจ้าไลจึงได้หนีไปพึ่งพระบารมีเจ้าขรัวมณีจันทร์ซึ่งเป็นพระปิตุฉา พระนางจึงเสด็จเข้าเฝ้าสมเด็จพระเอกาทศรถ จนสมเด็จพระเอกาทศรถยินยอมด้วยความเกรงพระทัย (แต่ในจดหมายเหตุวันวลิตกล่าวว่า ถูกฟันด้วยพระแสงดาบและถูกจำคุกเป็นเวลา 5 เดือน เจ้าขรัวมณีจันทร์จึงได้ขอพระราชทานอภัยโทษ)
พระราชโอรส-ธิดามีการกล่าวถึงพระราชโอรสในสมเด็จพระนเรศวรมหาราชในจดหมายเหตุสเปน (History of the Philippines and Other Kingdom) ของบาทหลวงมาร์เชโล เด ริบาเดเนย์รา (Marchelo de Ribadeneira, O.F.M) ที่เขียนขึ้นจากคำบอกเล่าของบาทหลวงนิกายฟรานซิสกันที่เคยพำนักอยู่ในกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. 2125 ปลายรัชสมัยของสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช และ พ.ศ. 2139 ตรงกับต้นรัชสมัยของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช โดยเนื้อความในจดหมายเหตุนี้ได้มีการอธิบายถึงกระบวนพยุหยาตราชลมารคของพระเจ้าแผ่นดินสยาม โดยมีเนื้อความตอนหนึ่งที่ได้กล่าวถึงพระอัครมเหสีและพระราชโอรสผู้ทรงพระเยาว์โดยเสด็จด้วย ความว่า
...เรือสี่ลำเหล่านี้หยุดที่พระอารามแห่งหนึ่งบนชายฝั่ง เพราะพวกเขาคาดหมายว่า พระเจ้าแผ่นดินจะเสด็จพระราชดำเนินเพื่อทรงเจริญพระพุทธมนต์และทรงบำเพ็ญพระราชกุศล ตามติดมาอย่างใกล้ชิดเรือสี่ลำนั้นเป็นเรืออื่นๆอีกหลายลำที่ใหญ่กว่านั้น แต่ละลำบรรทุกผู้คนมากมายที่แต่งกายด้วยเครื่องแบบประเภทต่างๆ เรือแต่ละลำมีข้าราชการชั้นผู้ใหญ่แห่งพระราชสำนัก ๑ คน แล้วจากนั้นเป็นพระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุดในบรรดาแผ่นดินที่เสด็จปรากฏพระองค์ในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งอย่างหรูหรามาก ตามติดมากเป็นสมเด็จพระอัครมเหสีและสาวสรรกำนัลใน สมเด็จพระอัครมเหสีประทับแต่เพียงลำพังพระองค์ และบรรดานางกำนัลนั่งในเรือลำอื่นตกแต่งอย่างน่าอัศจรรย์ และกั้นด้วยม่านอย่างรอบคอบจนเป็นไปได้ที่จะสามารถมองผ่านม่านจากภายในสู่โลกภายนอกได้ โดยที่คนภายนอกไม่เห็นคนภายใน...
เมื่อนำเหตุการณ์ที่บาทหลวงสเปนได้เขียนบอกเล่าไว้ไปเทียบเคียงกับพระราชพงศาวดารฯ ฉบับพระจักรพรรดิพงษ์เจ้ากรม (จาด) จะพบว่าในรัชสมัยของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชได้มีการกล่าวถึงพระราชพิธีอาสวยุทธ และการต้อนรับคณะทูตกัมพูชาที่เดินทางมาถวายเครื่องราชบรรณาการยังราชสำนักอยุธยาซึ่งตรงกับเหตุการณ์การเสด็จฯทางชลมารคและการออกรับทูตกัมพูชาในจดหมายเหตุของสเปน[47] โดยบางทีสมเด็จพระนเรศวรมหาราชอาจมีพระราชโอรสมากกว่า 1 พระองค์แล้ว เนื่องจากในจดหมายเหตุมีการใช้คำว่า "พระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุด"
นอกจากนี้สมเด็จพระนเรศวารมหาราชก็ทรงมีพระราชธิดาด้วย โดยมีการกล่าวถึง พระเจ้านรธามังสอ เจ้าผู้ครองล้านนา ด้วยเหตุที่พระเจ้านรธามังสอได้รับการช่วยเหลือจากกรุงศรีอยุธยาเพื่อจัดการปัญหาเมืองขึ้นแข็งเมือง และช่วยป้องกับการรุกรานข้าศึก ด้วยการเกื้อกูลกันดังกล่าว ได้สร้างสายสัมพันธ์ทางเครือฐาติกับนรธามังสอและสมเด็จพระนเรศวรมหาราช โดยสมเด็จพระนเรศวรมหาราชได้ทรงยกพระราชธิดาให้สมรสกับเมงสาตุลองผู้ซึ่งเป็นพระราชโอรสในพระเจ้านรธามังสอ โดยพระเจ้านรธามังสอก็ได้ถวายพระราชธิดาให้เป็นพระมเหสีของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชด้วย
อย่างไรก็ตามก็มีหลักฐานเกี่ยวกับพระอัครมเหสีรวมไปถึงพระราชโอรสและพระราชธิดาน้อยมาก เนื่องจากผู้ที่เขียนจดหมายเหตุสเปนเองก็บันทึกจากผู้เห็นเหตุการณ์ที่ไม่รู้รายละเอียด รวมไปถึงพงศาวดารของพม่าที่กล่าวถึงพระราชธิดาในสมเด็จพระนเรศวรมหาราชอย่างผ่านๆเท่านั้น ภายหลังจากที่สมเด็จพระนเรศวรมหาราชเสด็จสวรรคตแล้ว ราชสมบัติจึงตกแก่สมเด็จพระเอกาทศรถ
พระราชปณิธานพระบาทสมเด็จพระนเรศวรเป็นเจ้า จึงตรัสประกาศแก่เทพยดาทั้งปวง ให้บังเกิดในประยูรมหาเศวตฉัตร จะให้บำรุงพระบวรพุทธศาสนา ไฉนจึงมิช่วยให้สว่างแลเห็นข้าศึกเล่า พอตกพระโอษฐ์ลง พระพายก็พัดควันอันเป็นหมอกมืดนั้นสว่างไป ทอดพระเนตรเห็นข้างเศวตฉัตร 16 ข้าง มีข้างดั้งข้างกันยืนอยู่เป็นอันมาก...
—
สมเด็จพระนเรศวรมหาราชพระบรมราชานุสรณ์ดอนเจดีย์ จังหวัดสุพรรณบุรีสมเด็จพระนารายณ์มหาราชได้ทรงสร้างพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราชไว้เป็นที่สักการะบูชา ในสมัยรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชก็ได้โปรดให้สร้างไว้อีก พระบรมรูปของสมเด็จพระนเรศวรยังประดิษฐานไว้เป็นที่สักการะบูชา อยู่ในพระที่นั่งภานุมาศจำรูญ(ปัจจุบันคือ พระที่นั่งบรมพิมาน) จนทุกวันนี้ตราประจำจังหวัดของไทยที่มีพระบรมรูปของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชเป็นองค์ประกอบ ได้แก่ จังหวัดสุพรรณบุรี จังหวัดตาก และจังหวัดหนองบัวลำภู
มีการสร้างพระบรมราชานุสรณ์ของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชในหลายแห่งทั่วประเทศ เช่น พระบรมราชานุสรณ์ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ พระราชวังจันทน์ จังหวัดพิษณุโลก, ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ โรงเรียนพิษณุโลกพิทยาคม จังหวัดพิษณุโลก, พระบรมราชานุสรณ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช จังหวัดพิษณุโลก, พระบรมราชานุสรณ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ มหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก, พระบรมราชานุสรณ์ดอนเจดีย์ จังหวัดสุพรรณบุรี, ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราชที่ริมหนองบัวลำภู ในจังหวัดหนองบัวลำภู เป็นต้น
มีการนำพระนามของสมเด็จพระนเรศวรมหาราขไปตั้งเป็นชื่อของมหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก และค่ายทหารต่างๆ ทั่วประเทศ เช่น ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ที่จังหวัดพิษณุโลก ค่ายนเรศวร ที่จังหวัดลพบุรี ค่ายนเรศวรมหาราช ที่อำเภอแม่แตง จังหวัดเชียงใหม่ เป็นต้น ส่วนทางกรมตำรวจได้นำพระนามของพระองค์มาตั้งเป็นชื่อค่ายตำรวจตระเวนชายแดนที่อำเภอชะอำ จังหวัดเพชรบุรีว่า "ค่ายนเรศวร" ด้วยเช่นกัน
ชาวไทยนิยมนำหุ่นรูปไก่ชนพันธุ์เหลืองหางขาวไปบนบานกับพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เพราะเชื่อกันว่าเป็นไก่พันธุ์เดียวกับตัวที่เอาชนะไก่ชนของพระมหาอุปราชาแห่งหงสาวดีได้
ในประเทศไทยได้มีการนำพระราชประวัติมาสร้างเป็นภาพยนตร์ 3 ครั้ง ครั้งแรก ใช้ชื่อว่า นเรศวรมหาราช ในปี พ.ศ. 2500 ครั้งที่ 2 ใช้ชื่อว่า มหาราชดำ ในปี พ.ศ. 2522[58] และครั้งที่ 3 ใช้ชื่อว่า ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ในปี พ.ศ. 2550
เคยมีการสร้างละครเรื่อง สมเด็จพระนเรศวรมหาราช เมื่อ พ.ศ. 2531 ทางไทยทีวีสีช่อง 3 และได้รับรางวัลโทรทัศน์ทองคำในปีนั้นถึง 5 รางวัลภายหลังมีการนำละครเรื่องนี้มาฉายใหม่ทางช่อง สทท.11 อีกครั้ง (ประมาณ พ.ศ. 2540)
ไม้ เมืองเดิม ได้นำเหตุการณ์ในสมัยนี้ไปใช้เป็นฉากในนวนิยายเรื่อง ขุนศึก ซึ่งตัวเอกของเรื่องคือ เสมา ทหารในสมัยสมเด็จพระนเรศวรซึ่งมีชาติกำเนิดเป็นช่างตีเหล็ก นวนิยายเรื่องนี้ได้รับการสร้างเป็นภาพยนตร์และละครโทรทัศน์เช่นกัน
มีการนำพระราชประวัติของพระองค์ไปเขียนเป็นหนังสือการ์ตูนอยู่หลายครั้ง เช่น มหากาพย์กู้แผ่นดิน ผลงานของมนตรี คุ้มเรือน เป็นต้น
ได้มีการสร้างตำนานสมเด็จพระนเรศวรอีกครั้งหนึ่ง ซึ่งใช้ชื่อว่า กษัตริยา ควบคู่กับ มหาราชกู้แผ่นดิน เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ ทรงมีพระชนมายุครบ 72 พรรษา ใน พ.ศ. 2542 โดยบริษัท กันตนา จำกัด เป็นผู้ผลิตรายการ ออกฉายทางสถานีวิทยุโทรทัศน์กองทัพบกช่อง 5 ในช่วงปี พ.ศ. 2545-พ.ศ. 2546
(จิตรกรรมประกอบโึคลงพระราชพงศาวดาร ฝีพระหัตถ์สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัติวงศ์)ในปี พ.ศ. ๒๐๙๑ หลังจากสมเด็จพระมหาจักรพรรดิขึ้นครองราชย์ได้เพียงเจ็ดเดือน การเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญครั้งนี้เป็นที่กระฉ่อนไปทั่ว จนทราบไปยังพระกรรณพระเจ้าหงสาวดีพระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ กษัตริย์พม่าทรงพระราชดำริว่า ทางกรุงศรีอยุธยาผลัดเปลี่ยนแผ่นดิน เห็นเป็นโอกาสที่จะแผ่อำนาจมายังกรุงศรีอยุธยา จึงได้ยกกองทัพใหญ่มาทางด่านพระเจดีย์สามองค์ เมืองกาญจนบุรี (บางพงศาวดารบอกว่า พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ได้เสด็จมาทอดพระเนตรกำแพงเมืองอยุธยาก่อนหน้านี้มาครั้งหนึ่งแล้ว เพื่อประเมินกำลังศึก) โดยตั้งค่ายหลวงที่ตำบลกุ่มดอง ทัพพระมหาอุปราชาบุเรงนองตั้งที่เพนียด ทัพพระเจ้าแปรตั้งที่บ้านใหม่มะขามหย่อง ทัพพระยาพะสิม ตั้งอยู่ที่ตำบลทุ่งวรเชษฐ์
